日本的科研费用分配和资助机制是由文部省和学术振兴会组织评定的。与国内的财政拨款不同，日本的高校需要通过同行评审竞争获得这些经费，因此这种经费分配机制更能反映出日本各大学的真实实力。
首当其冲的是东京大学，以214.4亿日元的科研经费独占鳌头。这所被誉为老牌帝大的学府，不仅在全球大学排名中位列前茅，而且在科研项目经费申请方面也有着出色的表现，其经费申请通过率达到了惊人的40.1%。在诸多学科领域，如思想、艺术、历史、考古、社会学等，东大的项目申请通过率一直名列前茅。
京都大学作为关西地区的名门学府，以144.6亿日元的科研经费位列第二。这所被日本人视为最难考的国立大学，一直秉持着自由的学术风气，严谨的学术态度。其新课题的通过率为39.6%，在地理学、文化人类学、民俗学以及心理学等领域表现尤为突出。
大阪大学虽然位于繁华的都市中，却以其求真务实的学术作风，在科研领域取得了显著的成就。其获得的科研补助基金在2021财年位居第三，新课题的申请通过率达到了34.7%，主要集中在理学和工学等优势学科。
仙台的东北大学，作为鲁迅先生的母校，也以其研究至上的学风，在科研领域取得了一席之地。东北大保留着鲁迅先生当年的教室，其科研项目申请通过率达到了36.2%，主要集中在金属材料学和电气光学等理工科领域。
除了上述几所大学外，科研经费排名第五至二十的学校同样值得关注。这些学校能够获得科研补助经费的项目都经过了严格的前期审核和后期考察，足以证明它们拥有强大的研究团队和科研实力。在选择深造院校时，这些学校无疑是优秀学子的理想选择，无需担心项目因缺少经费而中断或停止。
