在中世纪晚期日耳曼人开设大学的潮流中，弗莱堡大学与巴塞尔大学和蒂宾根大学等一同兴起。在教皇加里斯都三世的批准下，奥地利大公阿尔布雷希特六世在康斯坦茨教区设立了学校。这所大学，作为教会实体，属于罗马会的高级僧侣，并由巴塞尔主教兼任大学教务长。在阿尔布雷希特的慷慨资助下，大学于1460年开始授课，成为阿尔布雷希特领土内的“国家大学”。
随着历史的推进，弗莱堡大学在中世纪的发展中逐渐壮大。它成为奥地利继维也纳大学之后的第二所大学，并设立了四大传统科系：神学、哲学、医学和法学。初期，哲学教育包括所谓的“自由七艺”，是所有学生的必修科目。像约翰·罗伊希林和法学家乌尔里希·查修斯等著名人物都在这里执教。
宗教改革时期，弗莱堡大学积极争取宗教改革的权利。尽管城市议会试图镇压新教，但许多教授对马丁·路德的言论表示支持。随着斐迪南大公对新教学生的驱逐，巴塞尔的新教改革运动达到顶峰，许多教授如伊拉斯谟等都来到了弗莱堡。
当弗莱堡在1679年成为法国城市后，法国国王路易十四委托会负责建设这所大学。随着战争的结束和条约的签订，弗莱堡大学经历了许多波折，最终在奥地利重新占领前奥地利地区后得以重建。在奥地利大公玛丽亚·特蕾西亚的教育改革下，弗莱堡大学的入学条件逐渐走向自由化，并增加了自然科学和公共行政学科系。
当拿破仑在1805年攻破神圣罗马帝国得到前奥地利后，弗莱堡大学在巴登大公国的领导下经历了一段艰难的时期。两位大公曾考虑因资金问题关闭这所大学。在巴登继任大公路德维希一世的领导下，弗莱堡大学得到了稳定的资助并得以维持。这位大公认识到两种宗教在巴登应各有一所大学来代表，因此他开始每年向弗莱堡大学提供经费，并在1820年将此以手谕的形式确立下来。为此，大学更名为“阿尔伯特-路德维希大学”，以表达对大公的感激之情。
在19世纪初的巴登地区，随着出版自由的新闻法生效和报纸《自由报》的出现，弗莱堡大学的师生们开始追求自由与统一的主张。这份报纸的主编和Carl Theodor Welcker教授等知识分子公然反对当时的政策决议，主张德国的统一和自由思想得以在这里发芽生长。这体现了弗莱堡大学作为学术与思想自由的重要象征的地位和价值。
随着时光的推移，自十九世纪八十年代起，学生人数与院系规模迅速膨胀，学校的科研声誉也随之水涨船高。诸多知名学者如经济学家阿道夫·华格纳、历史学家格奥尔格·冯·贝洛等人被吸引至此执教。到了十九世纪末，根据巴登州法律，弗莱堡大学与海德堡大学一同成为德国首批接受女性学生的大学。弗莱堡大学更是诞生了德国首位女性医学博士。在一战爆发前，该大学的学生人数已达到三千之众。
二十世纪初，为适应现代大学的发展需求，大量新建筑如雨后春笋般拔地而起。于是，弗莱堡老城及周边地区均成为大学建筑的聚集地。那些充满艺术气息的建筑如第一教学楼、主楼、哲学楼等，都是德国青春艺术风格的杰出代表，修建于1907至1911年间。它们那红色的砖墙及塔楼，如今仍是弗莱堡的标志性景观。这些建筑的入口两侧矗立着荷马与亚里士多德的塑像，而大堂的西面则镌刻着学校的格言：“真理必叫你们得以自由”。
历史并非总是和风细雨。在时期，随着“政治一致”的推进，犹太师生遭到迫害。在这一动荡时期，多位校长相继执掌该校，其中马丁·海德格尔的任期内见证了犹太籍师生的正式驱逐。这一时期的大学主楼入口上方刻下了新的文字——“致永恒的德意志”，彰显了当时的社会氛围和政治动向。
战后，经历战争重创的弗莱堡大学在艰难条件下重建。自然科学研究所新楼在“学院角”落成。经济系在早期学者的基础上发展了秩序自由主义思想，成为战后德国经济迅速复苏的理论基石。政治学领域也经历了重大变革。阿诺德·贝格施特雷瑟的研究组成为了社会文化研究学院的核心。到了二十世纪后期，学校规模迅速扩大，从一万名学生增长到两万名。
如今，弗莱堡大学的科研成果熠熠生辉。黄金大米的研究便是一个典型案例，这一生物技术突破为营养缺乏者带来了福音。为了纪念因主义而遭受苦难和迫害的学生及教职员工，大学于2003年新建了一个纪念馆及一系列雕塑。近年来，弗莱堡大学加入了欧洲研究型大学联盟，并成为联邦资助的精英大学之一。2012年建立的弗莱堡大学学院则致力于招收国际学生，采用英语授课并授予英美体系的本科学士学位，为学校的国际化进程注入了新的活力。
