在古老的中世纪末期，日耳曼人迎来了大学建设的第二波浪潮。弗莱堡大学，与巴塞尔和蒂宾根大学同期诞生。其建立，源于教宗加里斯都三世在1455年的决定，他在奥地利大公阿尔布雷希特六世的请求下，同意在康斯坦茨教区设立学校。这所大学是应教宗诏书而建，它属于罗马会及其高级僧侣。尽管建立之初受到了多方资助和支持，但弗莱堡大学的独立司法权是由奥地利大公阿尔布雷希特所赋予的，这也使得这所大学有了独特的名称——Albertina。到了1460年，它正式开始了教学活动。
随着时间的推移，弗莱堡大学逐渐发展并经历了许多变革。在1490年，它转归哈布斯堡王室成员管辖，成为奥地利继维也纳大学之后的第二所大学。它的学科设置与当时的其他大学一样，包括神学、哲学、医学和法学四大科系。它的哲学教育包括所谓的“自由七艺”，是所有学生的必修科目。当时的学者们如约翰·罗伊希林和法学家乌尔里希·查修斯等人在这里执教。他们的知识和智慧被记录在格雷戈尔·赖施的《哲学珠玑》一书中。
建校之初，弗莱堡大学就积极争取宗教改革。尽管城市议会对此有所反应，试图打压新教言论，但这所大学的许多教授都明确支持马丁·路德的思想。随着巴塞尔的新教改革运动的发展，许多会成员和学者都来到了弗莱堡。这些事件都反映了这所大学在宗教改革中的立场和态度。
弗莱堡大学的历程并非一帆风顺。在一段时间内，它曾受到法国的控制和影响。法国国王路易十四对奥地利制大学持保留态度，将建设大学的责任交给了会。之后大学经历了多次归属变化和历史变迁，最终在奥地利重新占领前奥地利地区后重新确立了其在信仰中的堡垒地位。但随着时间的推移和新兴学科的出现，宗教信仰开始与科学研究发生冲突。最终在大学入学条件走向自由化的情况下，宗教的信仰问题开始淡化并逐渐融合于学术研究中。经历了多次变革和波折后，弗莱堡大学最终在巴登大公国的统治下稳定下来，并得到了大公的支持和资助。拿破仑时期的巴登大公国也经历了许多变革和挑战但始终保持着其独特的学术地位和特色。经历了宗教改革、战争和政治变革的洗礼后弗莱堡大学以其坚韧的学术精神和不懈的科研追求继续前行着为学术世界贡献着它的力量和智慧。。从古代的教会学府到现在享誉世界的研究型大学这一历史进程中我们可以看到一个大学与时代的紧密关联与自身的不断和发展这也是所有大学在历史长河中前行的动力和源泉吧。最后我们可以看到无论历史如何变迁人们对于教育的追求对于知识的渴望从未改变过而像弗莱堡大学这样的古老学府正是在这种渴望中不断前行和成长着为未来的世界继续孕育智慧和力量。。在法兰克福议会的压力下，大公国做出了艰难决定，于5月19日取缔了报纸。这一举措引发了学生持续的抗议示威。直到9月12日，才决定关闭学校，并命令两位教授在10月26日正式退休。经过一系列妥协，大学最终重新开放。
随着时间的推移，学校逐渐发展。自19世纪80年代起，学生人数和院系规模迅速扩大。学校的科研声誉日益显赫，吸引了众多知名学者前来执教，如经济学家阿道夫·华格纳、史学家格奥尔格·冯·贝洛、弗里德里希·梅尼克以及法学家卡尔·冯·阿米拉等。
在19世纪末，根据巴登州法律，弗莱堡大学成为德国历史上首批可以接收女生的大学之一。而且，在这所学校中，还诞生了德国的第一位女性医学博士。到一战前，大学的学生人数已经增至3000名。
20世纪初，为适应现代大学的发展，大量新建筑纷纷建立，使弗莱堡老城及周边地区成为了大学建筑的主要聚集地。例如，第一教学楼、主楼、哲学楼等建筑，修建于1907-1911年，是巴符州最重要的德国青春艺术风格的建筑。这些建筑物的红色砖墙及原用作“禁闭室”的塔楼至今仍是弗莱堡的标志性建筑。
历史并非总是风平浪静。在一战期间及战后，哲学家埃德蒙德·胡塞尔及其门生马丁·海德格尔先后来到此校任教。而在时期，犹太师生遭到迫害。这一时期的校长们纷纷上台，其中马丁·海德格尔的任期与政权紧密相连。他提出的“再提专业公共服务法令”导致校内犹太籍师生遭到驱逐。这一时期的主楼入口上方也镌刻了新的文字——“致永恒的德意志”。
战后，大学在艰难的条件下重建并发展壮大。经济系在早期弗莱堡学派学者·欧肯等人的基础上发展了秩序自由主义。这一思想成为了德国战后经济迅速复苏的理论基础。与此学校的政治学领域也涌现出了一批杰出学者。在20世纪后期，学校规模持续扩大，学生人数急剧增长。
至今，弗莱堡大学依然保持着蓬勃的发展势头。最近的一项重大成果是黄金大米的研究，这一生物技术突破通过基因工程改良了大米，使其富含维生素A，对于营养缺乏者而言是一大福音。为了纪念因主义而遭受苦难和迫害的学生及教职员工，大学还于2003年新建了一个纪念馆以及一系列雕塑。近年来，弗莱堡大学还加入了欧洲研究型大学联盟，并成为了联邦资助的九所精英大学之一。2012年，为了进一步招收国际学生，提高国际化水平，弗莱堡大学建立了弗莱堡大学学院，采用英语授课并授予英美体系的本科学士学位。
