南明王朝在短短三四年间便已风雨飘摇，到了十六世纪四十年代末，其势力仅残存于沿海和西南省份的某些角落，日渐边缘化。
南明的困境固然严峻，但回想南宋时期，其能坚持更长的时间，一个关键原因在于北宋灭亡之战实为一场奇袭。金军虽夺得了汴梁，却未歼灭宋军的主力部队。南宋朝廷撤退至长江以南时，宋军的主力部队仍在，他们在几场关键战役中成功遏制了金军的南下，为南宋的稳定战线奠定了基础。
然而在南明时期，情况截然不同。明军的主力部队，包括著名的边军关宁军等，已经全军覆没。南明所剩余的军队多由不听调度的军阀组成，或是临时征召的农民和壮丁，号称拥有80万大军，实则战斗力低下。面对清军的进攻，这些军队在瓜州渡江时几乎全体投降，毫无抵抗之力。
南明与南宋的另一个重要区别在于农民起义的规模。南宋并未面临如此大规模农民起义的威胁，这使得南明的长江防线无法有效固守。四川、湖北等地早已被农民军扫荡。李自成和张献忠的军队从西北和四川出发，冲击南京。在这种内忧外患之下，南明军队的主力被牵制在江苏和安徽的长江沿线，使得清军能够轻易突破其防线。
经过二十多年的战争，清朝已经建立了一支人数众多、战斗力强大的汉人部队。如征服西南各省的清军首领，他们熟悉地形、了解南明情况，并掌握战术。他们的部下多为明朝投降的精锐边军，一旦南下，南明的实力根本无法抵挡。最终，南明的覆灭只是时间问题。
