尽管诸葛亮才智过人，但在用人和领导方式上，却存在明显的不足。晚年时，他事必躬亲，连惩处措施都要亲自过问，甚至亲自执行。这种凡事亲力亲为的管理方式，无疑让诸葛亮承受了巨大的压力，注定了他无法长久支撑。诸葛亮曾解释他的行为，说他明白这样做的弊端，但因为他感受到先帝的重托，无法让自己有半点差错。
诸葛亮的谨慎和严格，使他几乎无人能及。这种高标准也导致了蜀汉的能干的人才多，但真正具备领导才能的人才却很少。他指定的接班人无论是身体还是能力，都未能达到他的期望。如果没有九伐中原的攻势来保持蜀汉的生存，恐怕蜀汉早已不堪一击。诸葛亮是一位杰出的政治家，但在军事领导和战略眼光上却有所欠缺。他并不具备君主的气质和决断，这使得蜀汉在后来的北伐中注定无法成功恢复中原。
既然诸葛亮决定不取代刘禅，那么他就应该与刘禅建立良好的关系。当五路大军进攻蜀国时，诸葛亮本应在关键时刻提出解决方案，却非要等刘禅亲自去相府请教他。出师表中频繁提及报答先帝之恩，教导陛下应该如何行事，虽然显示出诸葛亮的忠诚，但他忽略了自身的身份地位。与刘禅关系的恶化最终导致了诸葛亮被黄浩陷害，一而再再而三的遭受打击。
