南水北调东线山东段的工程建设面临丰富的古代文化遗存挑战。为了传承历史、保护文化遗产，山东省对文物保护工作投入了大量的精力与资源。从策略上讲，山东省采取了避免损害和抢救性发掘等方式，积极保护了许多珍贵的文物和遗迹。
据悉，早在2004年，山东省就设立了南水北调东线山东段文物保护工作办公室，至今已投入文物保护经费超过六千七百万元。这一重大投入使得工程设计方案多次调整，成功避让了二十多处文物点，充分展现了山东省对文物保护的决心与行动。
山东在南水北调调水沿线的考古勘探工作深入而广泛，涉及到地下文物点六十多个，地上文物点五处。经过三十多个文物点的发掘，面积达九万平方米，发现了众多珍贵的文物和遗迹。这些发现不仅在山东省内引起了巨大的反响，更在国内外考古界产生了深远的影响，填补了多项研究空白。具体案例包括济平干渠段的大街遗址、汉代画像石墓地等，以及梁济运河段的城子崖遗址、梁庄遗址等。
值得一提的是，在南水北调第二批控制性文物保护项目中，寿光市双王城水库盐业遗址和高青县陈庄遗址的发现尤为引人注目。这两处遗址分别荣获国家文物局2008年和2009年的全国考古十大发现称号，充分展现了山东省在南水北调工程建设中的文物保护成果之显著。
