在公元1368年，北伐军成功攻破了都城大都，元顺帝带着后妃皇子及亲信大臣匆忙逃往北方。这一事件标志着元朝的统治结束，但它并未完全消亡。因为元顺帝北逃时带走了元帝国的行政体系，并且在塞北地区仍然使用元朝的国号和年号，史称“北元”。
元顺帝逃到了上都，也就是现在的内蒙古锡林郭勒盟一带，这里成为了元朝残余势力的政治中心。尽管元朝在全国的统治已经结束，但北元仍然控制着塞北地区以及东北和云南地区。就连被元朝灭亡的高丽王国，仍然效忠北元，敌视明朝。
北元建立后并未满足于塞北的安身之地，而是对明朝发起了多次战争。尽管北元在战争中常常是败多胜少，长期的战争也削弱了其实力，但它仍然进行了顽强的抵抗。在明朝的多路进攻下，北元先后失去了云南和东北地区。忠于“元廷”的高丽王国也被其亲明的将军李成桂篡权。最终，坚持了二十一年的北元朝廷被权臣篡夺，成吉思汗的统治彻底断绝。
与此从北元分裂出去的和瓦剌部落长期在漠北游荡，对明朝形成了巨大的压力。瓦剌曾一度打败明军主力并俘获明朝英宗，逼近北京城下。而鞑靼部落则一直抵抗到明末清初，最终与后金政权合作共同对抗明朝，见证了明朝的灭亡。这段历史充满了战争、权谋和政治斗争，展现了元朝残余势力在历史上的坚韧和影响力。
