到了1721年秋，青海的郭罗克地区突发叛乱。年羹尧已担任川陕总督。他采取正面进攻的巧妙地利用当地部落土司之间的矛盾，实施“以番攻番”的策略，迅速且有效地平定了叛乱。因其在平定郭罗克叛乱中的杰出表现，年羹尧再次被加封为二等公。
而在电视剧《雍正王朝》的演绎中，年羹尧带领的西北平叛大军似乎是一群奢华无度的败家子，仿佛耗尽了国库中的所有银两。历史上的年羹尧在西北任职时，实际上是一位廉洁奉公的人物，节俭到“一分钱掰成两半花”。这些事迹在各类历史文献中均有明确记载。
青海叛乱的平定，为雍正的皇权稳固立下了汗马功劳。雍正皇帝对年羹尧这位第一大功臣更是宠爱有加，甚至在满朝文武面前公开表示，年羹尧就是他的大恩人。尽管年羹尧是雍正的恩人，但最终却是雍正对他下手，导致了他的陨落。
