日本永祚元年，藤原义因抵抗被捕，在临危之际，他以极端的方式剖腹取内脏以示反抗。这被认为是关于剖腹的最早记录。实际上，剖腹的流行始于镰仓幕府时期，那时许多人因失地而选择剖腹自杀以死谢罪。
江户时代的开启，标志着社会的稳定，切腹成为了一种主流。尽管幕府曾下令禁止殉死，但切腹的仪式仍广泛存在。这一行为在日本被称为“切腹人”。怕痛的切腹者会请介错人来协助完成这一仪式。介错人，通常是自杀者的亲友，需在切腹者承受最大痛苦时为其斩首，这一角色需精确掌握剑术。
仪式完成后，还有许多规矩需遵守。如切腹者的尸体不能歪斜，只能向前俯伏；腹上的刀痕不能皱折；膝盖不能分开，否则会显得修养不足。女性切腹者甚至会用绳子帮助自己的脚保持仪态。切腹用的武器也要认真放置，不能随意摆放。
日本的三岛由纪夫因崇尚武士道精神和爱国主义，对日本的西化与与西方国家的交流感到不满，于是组织了盾会，声称要保护日本传统精神和天皇。在他兵变失败后，选择了切腹自杀。其中一名盾会成员森田必胜担任了他的介错人，但在砍头时几次失败。最后换了一名介错人才成功。三岛由纪夫死后，森田必胜也选择了切腹自杀。
有一种说法认为，古代日本人认为灵魂藏于腹部，因此选择剖腹以释放灵魂、捍卫荣耀。这种文化在日本历史悠久，可能是日本自杀率较高的原因之一。
