许多人受到关于近亲结婚危害的广泛宣传影响，产生了一种误解。他们认为近亲结婚会导致子女不健康，甚至可能出现畸形。事实上，这是一种误解。近亲结婚的危害是近代才被广泛关注的话题，而在古代，近亲结婚的现象十分普遍。比如在古代的文学作品中的某些角色，他们的婚姻便属于姑表亲或姨表亲。
历史上，人类还经历过更为亲近的婚配阶段。很多民族的起源传说都源自于一对兄妹的结合。例如，在中国有伏羲与女娲的故事，日本则有伊邪那岐与伊邪那美的传说。这些古代的联姻方式，反映了人类对于家族血脉延续的重视。
混血确实可以引入新的优势基因，但同时也可能导致原有优势基因的丢失或引入劣势基因。正如血统纯正的阿拉伯马和一些名贵犬种，因血统纯正而保持了品种的优势。对于人类而言，过度的近亲结婚和近亲繁殖可能导致某些隐性基因疾病的累积。就像《权力的游戏》中的坦格利安家族，他们生下的子女，可能是天才，也可能是疯子。
古代的人们并没有现代医学和基因学知识，他们反对近亲结婚主要是为了减少上的纷争。只要不违反辈分，近亲结婚并不被阻止。从基因学的角度来看，近亲结婚并不一定会导致疾病，也并非每个近亲都会生出有问题的孩子。
古代的孩子们出生率很高，但存活率却很低，几乎每家都有夭折的孩子，从帝王到普通百姓都无法幸免。这实际上是由于基因缺陷造成的。为了保持血统的纯正，帝王家族经常会进行祖祖辈辈的通婚。
近亲结婚存在许多不确定性。没有人敢保证自己的后代能继承所有优秀的基因。明确禁止近亲结婚是非常必要的。
