在历史长河中，罗斯托克大学历经沧桑，见证了德国教育的发展。从1419年的创立开始，它就与梅克伦堡公爵、汉萨城市罗斯托克以及后来的教宗尤金四世紧密联系在一起。大学的创建不仅为当地带来了知识与智慧，也为波罗的海沿岸地区的学生敞开了求学的大门。在十五世纪，就有至500名来自荷兰、斯堪的纳维亚等地的学生在此学习，使罗斯托克大学成为当时德国的大规模大学之一。
政局的不稳定给罗斯托克大学带来了多次迁移的挑战。因受巴塞尔宗教会议的禁令影响，大学曾被迫离开罗斯托克，迁往格赖夫斯瓦尔德。禁令撤销后，大学重回罗斯托克，但不久又因种种原因再次迁往吕贝克。这些变迁无疑给大学的发展带来了不小的冲击。
十六世纪的人文主义和路德学说的传入，为罗斯托克大学带来了新的思想潮流。随着罗斯托克市接受新教，大学也于1542年完成了宗教思想的转变。随后的十七世纪，约阿希姆·咏鸠斯在此创办了德国所自然科学研究学会，为大学注入了新的活力。三十年战争和猎女巫时期使大学遭受重创，一度成为地方青年的高校。
进入十八世纪，梅克伦堡-什未林公爵弗里德里希因教义分歧介入大学事务，并在比措筹建新校。历经多个世纪的沧桑巨变，罗斯托克大学在十九世纪得以扩建，并拥有了梅克伦堡式文艺复兴风格的新主楼和德国所大学附属的耳鼻喉科医院。
到了二十世纪，罗斯托克大学经历了二战的洗礼和重建。在庆祝建校五百周年之际，阿尔伯特·爱因斯坦和马克斯·普朗克被授予荣誉博士学位。即使在时期大学在校生人数锐减的困境下，爱因斯坦的荣誉博士学位也得以保留。随着二战结束，大学重新开放，并为了适应当时局势的需要，设立了以培养青年精英为目的的恩斯特·台尔曼工农学院等院系。最终，在1990年德国统一后恢复了原名，并进行了新的院系调整。
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