在古老的康斯坦茨教区，随着教宗加里斯都三世的命令，弗莱堡大学在中世纪晚期应运而生，与巴塞尔和蒂宾根大学共同见证了日耳曼大学的第二次兴盛。公元1455年，为了响应奥地利大公阿尔布雷希特六世的期望，这所大学在奥地利大公的慷慨资助下正式设立。它不仅是教会的产物，更是罗马会及其高级僧侣精神的体现。其建立之初，便拥有独立的司法权，因此被冠以奥地利大公的名字，称为Albertina大学。四年后，这所大学正式开始了它的教育历程。
随着历史的推进，弗莱堡大学在中世纪的发展中逐渐壮大。在随后的几个世纪里，它成为了奥地利继维也纳大学之后的第二所大学。这所大学的初设四大科系沿袭了中世纪大学的传统，包括神学、哲学、医学和法学。学生们在哲学系取得文学学士学位后，可以进一步深造其他科目。当时的弗莱堡大学吸引了众多杰出的学者和教授，如约翰·罗伊希林和法学家乌尔里希·查修斯等人。他们的教学和研究成果被收录在格雷戈尔·赖施的《哲学珠玑》一书中。
宗教改革时期，弗莱堡大学见证了激烈的宗教争议和变革。虽然作为城市，弗莱堡的市议会曾试图镇压新教改革，但许多教授对马丁·路德的言论表示支持。与此巴塞尔的新教改革运动也影响了弗莱堡。随着法国入侵和法国王室的统治，弗莱堡大学经历了许多波折和变革。法国国王路易十四曾委托会负责大学的重建和发展。后来，随着奥地利重新占领前奥地利地区，弗莱堡大学逐渐恢复了稳定的发展。随着时代的变迁，它逐渐走向开放和自由化，并在人文主义思潮的推动下不断发展。尽管经历了许多挑战和困难，如资金紧张和宗教争议等，但弗莱堡大学始终坚守其教育使命和价值观。最终，在巴登大公的支持下得以稳定发展。如今，这所大学已经成为了学术自由和追求知识的象征。在这所古老的大学里，历史与现代交织在一起，共同书写着辉煌的篇章。它不仅见证了欧洲历史的变迁也代表了学术界的繁荣和发展。如今它在历史的沉淀下更显璀璨夺目光彩夺目。。从建校之初到现在经历了无数的挑战与变革但它的存在始终代表了人们对知识自由的向往和追求为学术界树立了不朽的榜样。。在法兰克福议会的决策压力下，大公国于5月19日作出了报纸停刊的决定。此举引发了连绵不断的学生抗议示威，直至9月12日，不得不做出妥协，决定关闭学校，并安排两位教授于10月26日退休。随后，大学在各方压力与协商后重新开放。
随着时代的演进，自19世纪80年代起，学校迎来了飞速的发展。学生人数与院系的规模都在不断扩大，学校的科研声誉也日益提升。众多知名学者如经济学家阿道夫·华格纳、史学家格奥尔格·冯·贝洛、弗里德里希·梅尼克以及法学家卡尔·冯·阿米拉等都曾在此执教。
在19世纪末巴登州法律的推动下，弗莱堡大学与海德堡大学一同成为德国历史上首批可以接收女生的大学。并且，弗莱堡大学还诞生了德国的第一位女性医学博士。至一战前，大学的学生人数已增至3000名。
步入20世纪，为适应现代大学的发展需求，大量新建筑在大学校园内建造。弗莱堡老城及周边地区均成为了大学建筑的聚集地。例如第一教学楼、主楼、哲学楼等建筑，以其红色的砖墙及标志性塔楼，成为了弗莱堡的标志性景观。这些建筑体现了德国青春艺术风格，且至今仍然矗立。在大堂的西面，镌刻着学校的格言：“真理必叫你们得以自由”。
历史并非一帆风顺。在一战期间，哲学家埃德蒙德·胡塞尔及其门生马丁·海德格尔等都曾在此校任教。而在时期，随着政治一致的推进，犹太师生遭到了迫害。时期的校长们，如马丁·海德格尔，对政权表示了公开支持。在主楼的入口上方，也刻上了新的文字：“致永恒的德意志”。
战后，经过重建，大学重新开放。经济系在早期弗莱堡学派学者·欧肯等人的基础上，发展了秩序自由主义。政治学方面，阿诺德·贝格施特雷瑟的研究组成为了大学的社会文化研究学院。在20世纪后期，学校快速发展壮大，从1960年的1万名学生增长到1980年的2万名学生。
至于现代，弗莱堡大学在科研领域持续取得突破。黄金大米的研究成果即是其中的一例，这一技术通过基因工程改良大米，使其富含维生素A，为营养缺乏者提供了新的食物来源。为了纪念因主义而遭受苦难和迫害的学生及教职员工，大学于2003年新建了一个纪念馆及一系列雕塑。近年来，弗莱堡大学加入了欧洲研究型大学联盟，并成为了联邦资助的精英大学之一。2012年，弗莱堡大学学院建立，作为一个招收国际学生的文理学院，采用英语授课并授予英美体系的本科学士学位。
