波恩大学的前身为波恩科隆选帝侯国学院，创立于1777年，拥有着四个主要院系，分别是神学、法律、医学以及世界学。约瑟夫二世皇帝于1786年对其学业证明在整个神圣罗马帝国给予认可，学院因此得以晋升为大学。在1798年，由于莱茵河左岸被法国吞并，科隆选帝侯国大学被迫取消。
历经变革与重建，波恩莱茵弗雷德里希·威廉大学在普鲁士国王弗雷德里希·威廉三世的倡导下，于1818年重新诞生。它的建立初衷是为莱茵兰和威斯特法伦两个新的普鲁士省提供学术教育的场所。同一天，明斯特和帕德伯恩的现有大学被取消，新的大学选址在波恩，这背后有多重原因考量：两座空置的大主教城堡为大学提供了足够的初始空间；人们希望通过大学的部门设置来标志新的开始。波恩科隆选帝侯国大学和科隆大学的重新组织建立也为新大学的建立提供了契机。
值得一提的是，老杜伊斯堡大学在波恩大学建立之年解散，其图书馆的大部分藏书被移至波恩大学。尽管波恩科隆选帝侯国大学仅存在短暂的时间，但它作为先驱者，深受文艺复兴影响，很好地适应了普鲁士的教育理念。
随着时间的推移，波恩大学经历了多次变革与发展。例如，在1860年，德国首个艺术史研究大学教席在波恩大学设立。1865年的奥托·雅恩教授与弗雷德里希·威廉·里奇尔教授之间的语言学家纷争导致后者出走莱比锡。路易·巴斯德因德法战争而放弃了在波恩大学的医学院荣誉博士头衔。
二战后，波恩大学经历了巨大的冲击和重建。在战争期间，大学主楼等建筑遭受严重破坏。战后恢复重建工作中，校长办公室曾迁至过渡性建筑。随着学生人数的增加，建设新的图书馆和法学院成为必要之举。大学附属医院甚至完全从内城迁出并重新奠基。
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