在古老的康斯坦茨教区，随着教宗加里斯都三世应奥地利大公阿尔布雷希特六世的召唤，一所新的大学诞生了。弗莱堡大学与巴塞尔和蒂宾根一同见证了日耳曼大学的第二波兴起。在1455年，这所大学在宗教的庇护下，由教宗诏书建立，实体归属于罗马会的高级僧侣。它不仅是一所学术殿堂，更是信仰的堡垒。
随着岁月的流转，弗莱堡大学成为了哈布斯堡王室下的重要学府。初设的四大学科——神学、哲学、医学和法学，培养了一批批杰出学子。那时的哲学教育，囊括了所谓的“自由七艺”，是所有学生的必修之路。约翰·罗伊希林、法学家乌尔里希·查修斯等人在这里传授智慧，他们的教诲被记录在格雷戈尔·赖施的《哲学珠玑》中。
宗教改革的浪潮也在这里涌起。尽管弗莱堡作为城市曾对新教持反对态度，但许多教授公开支持马丁·路德的思想。与此巴塞尔的新教改革运动也达到了高峰，但伊拉斯谟以及许多教授选择来到弗莱堡。这使得两种信仰在这座城市交融碰撞，产生出独特的学术氛围。
当弗莱堡在16世纪成为法国城市时，法国国王路易十四对奥地利式大学持怀疑态度，将建设大学的责任交给了会。随着战争的结束和大同盟条约的签订，弗莱堡重回哈布斯堡王朝的怀抱。这一时期的高卢学院标志着弗莱堡大学开始向多元化发展。随着宗教背景不同的教授们相继来到学校任教，弗莱堡大学成为了各种思想碰撞的舞台。而到了奥地利改革时期，宗教信仰逐渐与科学研究相互交融，学校也向着更为开放的方向发展。新学科的兴起使得只允许徒入校的限制成为了一种障碍。玛丽亚·特蕾西亚大公对教育的改革以及教宗克雷芒十四世的敕令都为学校带来了新的变革。到了拿破仑时代，尽管弗莱堡大学经历了许多波折，但在巴登大公国的支持下得以生存并发展。最终，在路德维希一世的努力下，弗莱堡大学得以稳定地存在并发展。
如今提及的不仅仅是这所大学的学术成就和宗教背景，更是其对于自由的向往和追求。在巴登促进出版自由的新闻法生效后，《自由报》的出现及其主编与教授的主张，再次展现了这所大学对于自由和思想的追求与坚守。弗莱堡大学不仅仅是一所学术殿堂，更是一个思想的摇篮，孕育着对未来的无限向往和追求。自法兰克福议会施加压力后，大公国迫于情势，于5月19日作出了报纸停刊的决定。这一决策引发了学生们的持续抗议，他们表达对行为的不满与对知识的渴望。抗议活动持续不断，终于导致了于9月12日关闭学校的决定。随后，两位教授在无奈之下于10月26日退休。经过妥协，大学最终得以重新开放。
随着时间的推移，自19世纪80年代起，该大学迎来了发展的黄金时期。学校的学生数量与院系规模迅速扩大，科研声望也日益提升。在这一时期，众多杰出的学者如经济学家阿道夫·华格纳、史学家格奥尔格·冯·贝洛、弗里德里希·梅尼克以及法学家卡尔·冯·阿米拉等纷纷前来执教。
在19世纪末巴登州法律的推动下，弗莱堡大学成为德国历史上首批可以接受女生就读的大学之一。这不仅标志着德国教育观念的转变，也见证了首位女性医学博士在该校的诞生。至一战前，该大学的学生人数已增至3000名。
进入20世纪，为适应现代大学的发展需求，大量新建筑在弗莱堡老城及周边地区拔地而起。例如，第一教学楼、主楼、哲学楼等建筑，以其德国青春艺术风格成为巴符州最重要的建筑。这些建筑物红色的砖墙及塔楼至今仍是弗莱堡的标志性景观。大堂西面的格言“真理必叫你们得以自由”镌刻着学校的精神与追求。
历史并非总是风平浪静。在一战结束后，虽然哲学家埃德蒙德·胡塞尔及其门生马丁·海德格尔等人来到该校任教，带来了学术的繁荣，但在时期，犹太师生遭到了迫害。随着“政治一致”的推进，弗莱堡大学的校长们在这一时期也经历了多次更迭。马丁·海德格尔的任期内，他推行的“再提专业公共服务法令”正式驱逐了校内犹太籍师生，这一法令被视为对政权的公开支持。
战后，大学在艰难的条件下重建并重新开放。经济系在早期弗莱堡学派学者的基础上发展了秩序自由主义，为德国战后经济的迅速复苏提供了理论基础。学校政治学领域也涌现出众多杰出学者。在20世纪后期，学校规模迅速扩大，学生人数也急剧增长。
至今，弗莱堡大学仍在不断前行。近年来，学校在生物技术、文化艺术等领域取得了显著成就。黄金大米的研究便是其中一个突出的例子，这一成果为营养不良的人们带来了福音。学校还建立了纪念馆和雕塑，以纪念那些因主义而遭受苦难和迫害的学生及教职员工。2006年，弗莱堡大学加入了欧洲研究型大学联盟，并于2007年成为联邦资助的九所精英大学之一。近年来，弗莱堡大学学院作为招收国际学生的文理学院，采用英语授课并授予英美体系的本科学士学位，为学校的国际化进程注入了新的活力。
