在法兰克福议会的压力下，大公国做出了艰难决定，于5月19日取缔了报纸。这一举措引发了学生持续的抗议示威。经过多次交涉，终于在9月12日决定关闭学校，并在随后的10月26日安排两位教授退休。大学在经历妥协后重新开放，开启了新的历程。
自19世纪80年代起，学校蓬勃发展，学生人数和院系规模不断扩大。学校卓越的科研声誉吸引了众多杰出的学者前来执教，其中包括经济学家阿道夫·华格纳、史学家格奥尔格·冯·贝洛、弗里德里希·梅尼克以及法学家卡尔·冯·阿米拉等人。
19世纪末，根据巴登州法律，弗莱堡大学与海德堡大学一同成为德国历史上首批可以接收女生的大学。这一进步标志着德国教育观念的变革，弗莱堡大学更是诞生了德国的第一位女性医学博士。至一战前，大学的学生人数已增至3000名。
20世纪初，为适应现代大学的发展，大量新建筑在弗莱堡老城及周边地区拔地而起。第一教学楼、主楼、哲学楼等建筑以德国青春艺术风格修建于1907-1911年，成为巴符州最重要的建筑。这些建筑的红色砖墙和塔楼至今仍是弗莱堡的标志性景观。大堂西面的格言“真理必叫你们得以自由”镌刻着学校的信念与追求。
随着一战结束，哲学家埃德蒙德·胡塞尔及其门生马丁·海德格尔的加入，使学校哲学研究达到新的高度。·欧肯在这里孕育了“秩序自由主义”的经济理念，这一理念后来被称为“弗莱堡学派”。
如同其他德国学校，时期对弗莱堡大学来说是一段艰难的历史。随着“政治一致”的推进，犹太师生遭到迫害。在这一时期，校长人选经历了多次更迭，其中马丁·海德格尔的任期与他对政权的公开支持紧密相关。主楼入口上方的标语“致永恒的德意志”反映了当时的政治氛围。
战后，大学在艰难的条件下重建，并迅速发展壮大。经济系在弗莱堡学派学者的基础上进一步发展了秩序自由主义，成为德国战后经济迅速复苏的理论基础。政治学方面，阿诺德·贝格施特雷瑟的研究组成为了大学的社会文化研究学院。
