作为当时的储君，李建成拥有合法的直辖军队权力。《大唐六典》中记载，东宫之内拥有众多卫士，数量初步估计超过千人。如果加上各处驻守的府兵和齐王府卫队，李建成在玄武门事变当天能够调动的军队人数更是达到了数千。但最终证实，攻打玄武门的太子军队大约在两千人左右。
为何李建成毫无还手之力呢？这主要是因为李世民在政变前做了充分的准备。他和杜如龄等谋士共同制定了详尽的计划，把握了玄武门这一军事重地。他们为政变制定了全面的准备，包括应急预案，如第一时间控制唐高祖李渊，包围太子府消除残余势力，并在重要关口设防，防止太子救驾军队的到来。
在玄武门政变之前，李世民已经成功地清除了李建成和李元吉在宫中的人手。由于李渊对儿子们的约束能力不足，他们常常带着兵马刀剑自由出入皇宫。为了打击李世民，李建成和李元吉在宫中各处都安排了自己的人。但李世民两次向李渊告发此事，导致李渊责备二人并清理了他们的人手。在发动玄武门政变时，宫中几乎没有人帮助李建成和李元吉。
当李建成和李元吉进入玄武门后，宫门被关闭，东宫和齐府的精兵都无法进入。而李世民手下的张公谨等人表现出色，成功挡住了冯立等人的进攻。秦王帐下的兵士与冯立部队展开激战，最终敬君弘和吕世衡战死。当李建成和李元吉的首级被展示给所有人时，冯立、薛万彻等人丧失了战斗意志，最终溃散而逃，玄武门之变也以秦王党的胜利而告终。
